Notepad++ si caratterizza per riuscire a discernere il codice appartenente ai numerosi linguaggi supportati, rivelandosi particolarmente utile quando si debbano utilizzare elementi peculiari. Durante la scrittura è infatti importante la corretta interpretazione di comandi o parole chiave, accompagnata da una classificazione basata su colori e tipi di font.
La dotazione standard include oltre 50 linguaggi , scelti tra i più richiesti e diffusi. All'apertura di un file, il programma è tipicamente in grado di individuare il linguaggio corretto in base alla sua estensione e quando viene salvato resta traccia del linguaggio stesso. Un determinato linguaggio è comunque selezionabile attraverso l'omonimo menu, che organizza i nomi in ordine alfabetico e con il configuratore di stili è possibile modificarne l'estensione, oltre a poter associare parole chiave. Per ulteriori informazioni sulla creazione dei linguaggi si può accedere alla specifica pagina presente in NpWiki++.
Si possono eseguire le opportune prove selezionando l'opzione Linguaggio / Definito dall'utente, che viene azzerato nei parametri ad ogni riavvio del software. Vi è in ogni caso la possibilità di definire un proprio linguaggio mediante la Finestra impostazioni personalizzate presente nel menu Visualizza.
Per crearne uno completamente nuovo si può selezionare il pulsante Crea nuovo, mentre per definirne uno con i parametri correnti si può utilizzare Salva come ed indicare il nome voluto. Sono quindi fissabili i parametri principali relativi allo stile predefinito, all'elenco delle parole chiave, ai commenti ed agli operatori, intervenendo su colore, tipo, dimensione ed altre proprietà dei caratteri, finalizzate anche alla gestione del folding.
Per eseguire queste operazioni in modo congruente, la finestra delle impostazioni personalizzate è stata suddivisa in quattro pannelli affiancati, denominati rispettivamente Cartelle & Predefiniti, Lista parole chiave, Commenti & Numeri e Operatori.