Notepad++ propone modalità di visualizzazione in accordo a quelle sviluppate per Windows, rendendo però disponibili agli utenti anche strumenti di personalizzazione.
Il menu Visualizza consente in particolare di mantenere l'applicazione sempre in primo piano, di portarla a schermo pieno (F11) e di renderla in stile Post-it (F12) per nascondere schede, menu e barra degli strumenti, riuscendo cosi ad ottimizzare l'accesso ai contenuti. L'opzione Mostra simboli permette di impostare la visualizzazione di spazi bianchi, tabulazioni, fine riga, guide di indentazione ed altri caratteri speciali.
L'opzione Sposta/Clona documento corrente fa copiare o spostare la scheda corrente in una nuova vista o in una nuova finestra, abilitando in pratica la vista multipla per visualizzare due documenti in contemporanea, che possono anche essere il medesimo ripetuto.
Il folding è definibile mediante i concetti di apertura e chiusura, che dovrebbero agire congiuntamente come una sorta di coppia. Le sue opzioni consentono di nascondere parti di codice in funzione di determinate caratteristiche, rivelandosi utile in linguaggi strutturati come XML e C++ per migliorare la leggibilità. Queste sono utilizzabili con le voci relative a compressione/espansione delle strutture ed al collassamento o meno dei livelli. Le linee possono essere nascoste anche manualmente con la voce Nascondi righe ("Alt + H") ed appaiono due simboli di freccia rivolti verso destra e verso sinistra che indicano l'inizio e la fine della selezione nascosta.
L'impostazione predefinita prevede la riduzione a icona dell'applicazione quando viene selezionato il relativo controllo della finestra, ma è possibile fare in modo che venga minimizzata nella system tray. Per farlo si può attivare l'opzione Minimizza nell'area di notifica disponibile nella scheda Varie del pannello Preferenze.