Notepad++ propone diversi metodi alternativi di ricerca, riuscendo anche in questo caso ad adattarsi alle necessità più diverse. L'opzione Trova (Ctrl + F) presente nel menu Cerca apre un pannello rivolto alle principali operazioni di ricerca di stringhe e file, con relative eventuali azioni di sostituzione. Vi è la possibilità di includere nella ricerca Solo parole intere, di Distinguere tra maiuscole e minuscole e di estendere il metodo normale a caratteri di controllo come "n, r, t, , x" o ad espressioni regolari.
Tra le opzioni di maggiore rilievo si segnalano il conteggio delle occorrenze e la ricerca in tutti i documenti aperti, utile quando si debba operare su più file contemporaneamente.
La ricerca all'interno di file si presta per trovare in modo rapido stringhe contenute in file presenti in una determinata cartella, potendo coinvolgere anche tutte le sue sottocartelle.
La Ricerca incrementale ("Ctrl +Alt + I") si propone come pratica soluzione per trovare rapidamente una prima occorrenza nel testo e tutte quelle consecutive, potendo anche evidenziarle con l'opzione Highlight all. Il comando Ctrl + F2 genera un segnalibro associato alla riga corrente od in modo equivalente si può cliccare sulla colonna posta tra numero ed inizio riga. F2 e Shift + F2 fanno invece passare al segnalibro seguente o precedente, raggiungibili in alternativa sempre dal menu Cerca, dove trovano posto anche i comandi per eseguire operazioni di taglia, copia e incolla. È inoltre possibile attivare una trasparenza nella vista del pannello di ricerca per evitare che possa interferire quando si cambia il focus, ad esempio portandosi all'interno di una scheda.