Come accennato in precedenza, Notepad++ fornisce diversi comandi per la gestione dei file, che vanno da quelli comuni ad altri più specifici.
La barra degli strumenti racchiude alcune icone per rendere più rapide le principali operazioni sui file ed in particolare consente di:
- Creare un nuovo file;
- Aprire un file esistente;
- Salvare il file corrente;
- Salvare tutti i file aperti;
- Chiudere il file corrente;
- Chiudere tutti i file aperti;
- Gestire le sessioni;
- Stampare direttamente un file.
In alternativa, il menu File, oltre a consentire l'esecuzione dei medesimi comandi, aggiunge ulteriori opzioni di gestione file, ad esempio per chiudere tutti i documenti tranne quello corrente, eliminare un file dal disco fisso, aprire o salvare un'intera sessione di lavoro, accedere al pannello di stampa e richiamare i file usati recentemente.
Vi è la possibilità di gestire più file in contemporanea secondo un'organizzazione a schede, anche se di fatto si può operare su un solo file alla volta.
Le schede riportano il nome dei singoli documenti e sono identificate da icone che indicano se siano in uno stato normale (colore blu), in modifica (colore rosso) od in sola lettura (colore grigio). Per attivare un file si può semplicemente cliccare sulla sua scheda oppure utilizzare i comandi Ctrl + Tab e Ctrl + Shift + Tab. Se è abilitata la visualizzazione multipla è comunque attivabile una sola vista. Da rilevare come sia elevato il numero di formati disponibile in cui è possibile salvare un file, in sintonia con l'ampio insieme di linguaggi supportati.