L'interfaccia grafica di Notepad++ si presenta pulita ed essenziale, ma al tempo stesso ampiamente configurabile dall'utente. Al primo avvio viene aperta una scheda comprensiva di un documento relativo alle novità ed ai bug concernenti le ultime release.
Nella parte superiore della finestra principale spicca la classica barra degli strumenti, che raccoglie le icone tipicamente più utilizzate durante lo svolgimento dell'attività.
Un primo blocco è dedicato all'interazione primaria con i file: creazione, apertura, salvataggio, chiusura e stampa. Si prosegue quindi con le funzioni taglia, copia, incolla, annulla e ripristina e con quelle di ricerca, sostituzione ed ingrandimento/riduzione testo.
Proseguendo ancora verso destra si trovano icone più specifiche, relative alla sincronizzazione dello scorrimento verticale od orizzontale, ai comandi di "a capo automatico", di visualizzazione dei caratteri, delle guide di indentazione e della finestra di impostazioni personalizzate.
L'ultima parte della barra degli strumenti include le icone per la gestione e l'esecuzione di macro e per l'apertura del correttore ortografico. Entrando nella sezione Generale del pannello delle Preferenze, richiamabile dal menu Configurazione, è possibile nascondere la barra degli strumenti oppure indicare la dimensione delle icone, scegliendo tra piccole, grandi e standard (predefinito).
La sezione dei menu è organizzata per rispondere ad ogni richiesta in termini di interazione con i file, selezione dei linguaggi e definizione delle impostazioni. A conferma di ciò, passiamo in rassegna tutti i menu disponibili con le relative opzioni principali.