Per pilotare il Web server, cioè arrestarlo, avviarlo o modificarne la configurazione, sarà sufficiente cliccare col tasto destro del mouse sull'icona di Tomcat nella task bar (che rappresenta il Monitor del server). Si aprirà un menu:
All'interno dell'icona vi è un quadratino rosso al posto della freccia verde, simbolo che indica che il server in questo momento non è in esecuzione. Tramite Start service si avvia l'Application server mentre con Stop service si arresterà il servizio. La voce Exit chiude il monitor di Tomcat (che quindi non comparirà più nella task bar fino al suo prossimo riavvio) e About aprirà una pop-up con il link alla pagina di Apache dedicata alla licenza d'uso. Tramite la voce Configure si aprirà la finestra delle proprietà di Tomcat.
Per far sì che le applicazioni vengano correttamente gestite da Tomcat, i file che le compongono devono essere correttamente collocati all'interno delle cartelle dell'Application server.
La cartella che contiene le applicazioni sarà la <Tomcat_Home>/Webapps. Ogni applicazione avrà, all'interno della Webapps una cartella col nome dell'applicazione stessa (la root). Quindi se la nostra Web application si chiama STORE, la sua directory root sarà <Tomcat_Home>/Webapps/STORE.
All'interno della root ci saranno tutti i file che compongono l'applicazione (file HTML, pagine Jsp, immagini, suoni ecc.) opportunamente distribuiti in cartelle per una più facile gestione. Particolare importanza ricopre la cartella WEB-INF contenuta nella root. Qui avremo, dentro la cartella classes, i file .class delle classi Java che comprendono il motore del nostro sito Web (tra cui le Servlet) e, dentro la cartella lib, le opportune librerie in file di tipo Jar.