Ad ogni sito Ftp possono essere associate una o più directory virtuali. Come dice la parola stessa, sono degli alias di directory che puntano ad una determinata cartella del filesystem. Possono essere usate per creare un contenitore di cartelle distribuite sul filesystem, indipendentemente dalla cartella associata al sito Ftp.
Il loro maggiore utilizzo, però, è per gestire più siti Ftp con un solo indirizzo IP. Infatti capita spesso di dover creare più siti Ftp distinti con utenti diversi che possono accedervi. Abbiamo visto, però, che non è possibile avere due siti Ftp sullo stesso indirizzo IP e sulla stessa porta. Mediante le directory virtuali, è, però, possibile risolvere questo problema. Creato un sito Ftp alla cui cartella principale devono poter accedere tutti gli utenti che accederanno al sito, creeremo una cartella virtuale che rappresenterà il sito Ftp "virtuale" o in "virtual-hosting". Il nome della cartella deve essere uguale allo username dell'utente della macchina che vi accederà (nell'esempio precedente mario). In questo modo al login l'utente verrà reindirizzato alla sottocartella (directory virtuale), come se fosse un sito diverso, senza passare per la home directory del sito principale. Come si può facilmente capire, l'unico limite è dato dal fatto che vi potrà essere solo un utente che automaticamente verrà reindirizzato sul sito in modo automatico.
Vediamo un esempio per chiarire la cosa: abbiamo necessità di creare tre siti Ftp, uno per l'area sviluppo, uno per l'amministrazione ed uno per tenere la documentazione. Creiamo, come spiegato nella lezione precedente, un unico sito Ftp che risponde sulla porta 21 e lo chiamiamo MainFTP. Creiamo poi tre utenti della macchina: development, administration, documentation con relative password, inoltre creiamo tre cartelle, una per ciascuna directory virtuale, dove andranno a scaricare o caricare i documenti mediante Ftp.
A questo punto dentro al sito MainFTP (nella MMC) creiamo tre cartelle virtuali con gli stessi nomi degli utenti, quindi: development, administration, documentation e che punteranno alle tre cartelle fisiche descritte sopra. I tre utenti devono poter accedere in lettura alla cartella principale del sito, altrimenti il sistema negherà l'accesso. A questo punto eseguendo il login al sito MainFTP con uno dei tre login si verrà reindirizzati automaticamente all'interno della cartella virtuale. Con questo sistema abbiamo aggirato il problema di creare più siti Ftp sullo stesso indirizzo ip con la stessa porta.
Le directory virtuali, una volta create, hanno una scheda delle proprietà in cui è possibile, come per il sito Ftp, modificarle proprietà della cartella e i permessi di accesso.