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Su Sitepoint è stato pubblicato un interessantissimo articolo riguardo i 10 errori più comuni che gli sviluppatori PHP commettono utilizzando MySQL.
La lista, oltre ai classici "mancata validazione degli input" e "mysql VS mysqli" per quel che riguarda le funzioni da utilizzare all'interno delle nostre pagine PHP, mette in evidenza anche alcuni aspetti più "sottili", quali la scelta corretta dell'engine e degli index per le nostre tabelle.
Vale la pena leggerla. Sicuramente troverete qualche punto su cui ci sarebbe da discutere per molto tempo.