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Finalmente, dopo un po' di ricerca sulla rete, ho trovato due soluzioni interessanti per il debugging di script PHP attraverso interfaccia grafica. Inizialmente l'unico strumento che utilizzavo era il debugger di Komodo, che si appoggia alla libreria Xdebug. Komodo però è un editor che ha ancora qualche problema di stabilità , e quindi ho trovato la necessità di passare a qualcosa di alternativo.
Ho trovato due soluzioni che mi paiono da valutare: la prima si chiama wxDebug ed è un client grafico per Xdebug sviluppato in Python (usando le librerie wxPython); la seconda si chiama wincachegrid e pare molto più ricca di funzionalità rispetto all'altra.